1、依「農業用地農業使用認定及核發證明辦法」第12條規定，申請案件審查符合農業發展條例第3條第12款及本辦法第5條至第8條規定者，受理機關應核發農業用地作農業使用證明書；申請案件為農業發展條例第3條第11款所稱之耕地如經核發農業用地作農業使用證明書者，免再核發耕地符合土地使用管制規定證明書。申請案件不符合前項規定者，得由申請人檢具目的事業主管機關核准文件，將案件送請縣﹝市﹞政府地政機關會同目的事業主管機關查核符合非都市土地使用管制容許使用項目及許可使用細目者，由縣﹝市﹞政府地政機關核發符合土地使用管制規定證明書。
2、「農業用地農業使用認定及核發證明辦法」第14條規定，直轄市或縣市政府應依農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準規定，向申請人收取行政規費。依第12條第1項及第2項核發之證明書以1份為原則，申請者為同一申請案件要求核發多份證明書時，其超過部分應另收取證明書費，每1份以新台幣100元計算。
3、「農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準」第4條第1項第4款規定，申請核發農業用地作農業使用證明書，土地1筆者，每件收取新台幣500元，每增加一筆土地另收取新台幣200元。