耕地如果符合以上所說的各項分割規定的要件，即使耕地上蓋有違章建或有其他違規使用情形，只要不涉及所有權移轉，仍得申請分割。但是地政機關於辦理分割測量時，發現申請分割的耕地有違法使用情事，雖然對於審核符合分割相關法令規定的案件，得先准予分割，不過應同時將違法使用情形，報請區域計畫法或都市計畫法之主管機關妥為處理，以遏止耕地繼續違法使用。